| 총회 |
연구소의 최고 의결기구로, 정회원 전원으로 구성(회의는 정회원의 명시적인 위임의사 표시로 위임 가능) |
| 감사 |
연구소의 사업과 회계를 감사하며, 총회에서 선출된 감사위원 2명으로 구성 |
| 이사회 |
연구소의 최고 심의기구로, 총회에서 선출된 이사 15명(이사장 포함)으로 구성 |
| 연구소장(부소장) |
소장은 연구소를 대표하며, 연구소 업무를 총괄하고, 부소장은 소장을 보좌하며, 소장 유고시 그 직무를 대행하고, 이사회 승인으로 임명 |
| 운영위원회 |
연구소 운영의 전반적인 사항을 심의하는 기구로, 소장, 부소장, 처·실·국장 및 각 부서의 담당자로 구성 |
| 사무처 |
연구소 회원관리 등 기본 조직업무, 재정 및 회계관리, 연구업무 지원, 회원 및 시민사회 교육연수, 기관지, 홍보·선전 자료발간 등의 업무를 담당하며, 처장, 국장, 담당자로 구성 |
| 연구실(분과장회의) |
연구소의 연구사업을 총괄하며, 연구실장, 연구지원국장, 연수지원국장, 분과담당자(간사)로 구성하고, 학교혁신, 교육자치, 대학교육, 시민사회, 농산어촌, 장애인교육, 대안교육, 환경교육 연구분과를 두고, 분과운영의 통일성 확보와 연구범위, 기능 등의 조정을 위해 분과장 회의를 운영 |
| 연구분과 |
각 분과는 해당분야의 연구를 담당하고, 분과장, 간사, 연구위원 또는 연구원 등으로 구성 |
